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Le laboratoire européen de recherche nucléaire, le CERN fournit aujourd’hui 10 000 cœurs d’ordinateurs au projet Folding@home, qui utilise la puissance de calcul distribuée pour simuler la dynamique des protéines du coronavirus à l’origine du Covid-19 et ainsi trouver un antidote à ce coronavirus. De ce fait, la contribution du CERN représente une part importante du centre de données du groupe de recherche, qui compte 230 000 cœurs de processeur et 15 000 serveurs fonctionnant 24 heures sur 24.
Pour rappel, Folding@home permet à quiconque d’installer un client sur un PC pour contribuer à la puissance de calcul du projet. Le mois dernier, Microsoft a publié un script PowerShell pour les utilisateurs de Windows 10 afin d’exécuter le client Folding@home en toute sécurité dans le Sandbox de Windows. Au début de ce mois, Folding@home a lancé un nouveau client qui permet aux participants de donner la priorité aux projets COVID-19. Il développe également un nouveau logiciel open-source Folding@home.
Le CERN, où Sir Tim Berners Lee a fait éclore le World Wide Web, n’est pas étranger à l’informatique distribuée. L’agence de recherche possède également sa propre plateforme de calcul volontaire pour le grand collisionneur de hadrons (LHC), LHC@home. Toutefois, les 10 000 nouveaux cœurs qu’elle fournit ne représentent qu’un tiers des « unités de travail » que le CERN a achevées pour le projet Folding@home, le reste provenant des sites de calcul du LHC. Le CERN est maintenant le 87e contributeur au projet.
2,4 exaFLOPS de puissance de calcul
Les noyaux que le CERN a apportés proviennent de machines de centres de données qui devaient être mises hors service, selon Jan van Eldik, chef de la section « Approvisionnement en ressources » au sein du groupe « Calcul et surveillance » du département informatique du CERN. « Nous avons rapidement mis au point une procédure pour lancer des machines virtuelles fonctionnant avec Folding@home sur le cloud OpenStack du CERN en utilisant ces ressources », a déclaré ce dernier.
Pour le CERN, il s’agit de contribuer à sa mesure au projet Folding@home et de contribuer ainsi à la découverte d’un traitement ou d’un vaccin. « Comme d’autres virus, le virus responsable du Covid-19 possède des protéines qui sont utilisées pour supprimer le système immunitaire des hôtes, ainsi que des protéines pour l’auto-réplication. Folding@home soutient les travaux visant à mieux comprendre ces protéines, ce qui constitue un premier pas important vers la mise au point de nouveaux médicaments qui pourraient inhiber leur fonction, et donc arrêter le virus », a fait savoir le laboratoire européen.
« Bien qu’il existe de nombreuses méthodes pour déterminer la structure des protéines en laboratoire, ces approches révèlent la forme à un moment donné. Les simulations informatiques ont donc un rôle important à jouer pour déterminer comment la structure tridimensionnelle des protéines peut changer au fil du temps. Dans le cas des protéines virales, cela peut révéler de nouveaux sites où des médicaments peuvent être utilisés pour attaquer la protéine et arrêter son fonctionnement », explique également le laboratoire pour justifier sa participation à un tel projet.
Un projet qui a par ailleurs acquis une puissance de calcul de 2,4 exaFLOPS grâce à ses contributeurs, ce qui représente 2,4 quintillions (ou un milliard de milliards) de calculs par seconde. « Avec notre puissance collective, nous sommes maintenant à 2,4 exaFLOPS (plus rapide que les 500 premiers supercalculateurs réunis). Nous complétons les supercalculateurs comme IBM Summit, qui effectue des calculs courts en utilisant des milliers de GPU à la fois, en diffusant des calculs plus longs dans le monde entier en plus petits morceaux », a récemment tweeté Folding@home.
Source : ZDNet.com
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